Vom lateinischen Wort arbor = Baum, leitet sich der Begriff Arboretum ab. In diesem, südlich des Teichs gelegenen Bereich, werden Bäume und Sträucher gezeigt. Die Gehölzsammlung meint nicht nur diesen im waldartigen Charakter gestalteten Bereich, sondern bezieht natürlich auch alle übrigen Gehölze mit ein. Unter diesen finden sich ebenfalls viele alte und seltene Exemplare. Z.B.:
- Platane (Platanus x hispanica)
- Blutbuche (Fagus sylvatica, Atropunica): Die 1855 gepflanzte, gärtnerisch veredelte Blutbuche (Fagus sylvatica, Atropunica) musste 2021 aufgrund eines Befalls mit dem Brand-Krustenpilz gefällt werden. Diese Blutbuche war ein historisches Gartenelement und wurde 1924 erstmalig im Jahrbuch der Deutschen Dendrologischen Gesellschaft erwähnt und war ein Naturdenkmal Münsters. Diese Buche hatte einen Kronendurchmesser von ca. 26×30 m und eine Gesamthöhe von 31 m.
Als Ausgleich für die gefällte Blutbuche wurde im Dezember 2021 eine aus einem Sämling gezogene Blutbuche (Fagus sylvatica, Purpurea) gepflanzt. Der dargestellte Querschnitt der historischen Blutbuche von 1855 wurde auf eine Stammhöhe von 1,6m angefertigt und besitzt einen Umfang von 5,65 m.
Weitere besondere Bäume im Botanischen Garten Münster.
- Kalifornische Nusseibe (Torreya californica)
- Sumpfzypresse (Taxodium distichum)
- Serbische Fichte (Pica omorika)
- Ginko (Ginko biloba)
- Eibe ( Taxus baecata)
- Baumhasel (Corylus x colurnoides)
- Japanische Zelkove (Zelkova serrata)
- Ess-Kastanie (Castanea sativa)
- Flügelnuss (Pteracarya fraxinifolia)
- Tulpenbaum (Lirodendron tulipifera)
- Sommer- Linde (Tilia piatyphllos)
- Kuchenbaum (Cercidiphyllum japonicum)
- Japanischer Schnurbaum (Sophora japonica)
- Amberbaum (Liquidambar styraciflua)
- Eisenholzbaum (Parotia persica)
- Korkbaum (Phellodendron amurense)
- Südbuche (Notbofagus antartica)
- Taschentuchbaum (Davidia involucrata var. vilnoriana)